Según la investigación de la Unidad de Apoyo Fiscal, el IHSS pagó 13.3 millones de lempiras por unidades que debieron costar 5.5 millones. Además, se investiga el traslado indebido de 1,500 millones de lempiras del régimen de Invalidez, Vejez y Muerte al de Enfermedad y Maternidad. Estos fondos se usaron para comprar equipo biomédico, pero en algunos casos faltan insumos para su uso. A pesar de sus modernas instalaciones, el laboratorio del IHSS, considerado el mejor de Centroamérica, enfrenta escasez de reactivos.